Rostoucí průmyslová výroba si vynutila již v roce 1895 jednání o vybudování železniční tratě, spojky mezi Dušníky (dnešní Rudnou) a Berounem. Záhy byl zpracován projekt a po jeho schválení bylo přistoupeno ke stavbě. Práce s náspy, průkopy, budovami a mosty začala v říjnu roku 1896. První pravidelný osobní vlak z Berouna do Dušník vyjel již 20 prosince 1897. Potom jezdily každým směrem dva osobní vlaky denně. V Dušníkách se na Prahu přestupovalo. Teprve v roce 1908 začaly vlaky jezdit přímo do Prahy-Smíchova.
Původní projekt trati vedl z Loděnice do Berouna údolím Kačáku přes Svatý Jan pod Skalou. Ten však nebyl uskutečněn. Nádraží ve Vráži se až do roku 1939 jmenovalo “Vráž – Svatý Jan”. Pod náspem trati zmizela původní osada Jánská, kterou tvořilo několik obytných stavení a zájezdní hostinec. Původně toto místo neslo název Nová Hospoda (na mapě uváděno také jako Neues Wirthaus) a nacházelo se zhruba v místě dnešního viaduktu – tam kde železnice kříží odbočku na Jánskou. Opětovná výstavba začala až po roce 1922.
Netrvalo dlouho a na nádraží v Loděnici bylo velmi rušno díky nákladní dopravě. Trvale zde byly umístěny dvě lokomotivy s posádkami na posun a výpomocné tlačení vlaků do Vráže nebo do Nučic. Jen vápna bylo např. odbavováno více než 50 vagónů denně a po zmodernizování Solwayovy lanové dráhy přibylo ještě 80 vagónů kamene. Počet vagónů železné rudy také nebyl zanedbatelný. K tomu je nutné připočíst přísun materiálu a odbavování výrobků z obou textilních továren.
Prvním přednostou stanice byl oficiál Josef Bregha a dalším z významných přednostů byl vrchní oficiál František Burgermaister, který vykonával tuto funkci od roku 1907 až do roku 1925.
Po zrušení některých průmyslových provozů a přesunutí dopravy z železnice na silnici, ruch na nádraží ustal. V roce 1967 si jej zvolili barrandovští filmaři jako vhodnou kulisu pro film Ostře sledované vlaky, podle předlohy Bohumila Hrabala. Hlavní role ztvárnili Václav Neckář a Josef Somr. Kromě nich se ale ve filmu objevuje mnoho místních občanů. Režisér Jiří Menzel za tento film později převzal sošku Oskara.